Ein Stub-IOS ist ein IOS ohne Funktion. Anstatt IOS zu löschen werden diese von Nintendo mit einer höheren Versionsnummer und minimaler Funktionalität (nur der Microkernel ist enthalten, sonst keine Module) überschrieben. Dies wird u.a. eingesetzt, um cIOS funktionslos zu machen, aber auch, um Platz auf dem NAND, der durch nicht länger benötigte IOS verschwendet wird, freizumachen.